สถาบันวิจัยพฤติกรรมศาสตร์ เดิมใช้ชื่อว่า “สถาบันระหว่างชาติสำหรับการค้นคว้าเรื่องเด็ก” (International Institute for Child Study) ตั้งขึ้นด้วยความร่วมมือระหว่างกระทรวงศึกษาธิการ และองค์การการศึกษาวิทยาศาสตร์และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ (UNESCO) เมื่อวันที่ 25 เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2498 โดยมีจุดมุ่งหมายสำคัญ 3 ประการคือ (1) ทำการวิจัยเปรียบเทียบในเรื่องพัฒนาการเด็ก (2) ฝึกอบรมนักวิจัยไทยและนักวิจัยต่างประเทศให้สามารถทำการวิจัยได้ รวมทั้งให้มีความรู้ ความเข้าใจในเรื่องของเด็ก และ (3) เผยแพร่ผลงานการวิจัยเพื่อปรับปรุงการศึกษา และการอบรมเลี้ยงดูทั้งที่บ้าน และที่โรงเรียน

ในเดือนมกราคม พ.ศ.2506 สถาบันฯ ได้เปลี่ยนฐานะมาเป็นหน่วยงานของรัฐบาล สังกัดกรมการฝึกหัดครู โดยสถาบันนี้ตั้งอยู่ในบริเวณวิทยาลัยวิชาการศึกษา และสถาบันได้ให้ความร่วมมือกับวิทยาลัยวิชาการศึกษาจัดทำหลักสูตรมหาบัณฑิตทางสาขาจิตวิทยา ในปี พ.ศ. 2517 สถาบัน ได้โอนมาขึ้นตรงต่อวิทยาลัยวิชาการศึกษา และเมื่อวิทยาลัยวิชาการศึกษาได้เปลี่ยนฐานะเป็นมหาวิทยาลัย โดยใช้ชื่อว่ามหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ต่อมาในปี พ.ศ. 2518 สถาบันฯ ได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น “สถาบันวิจัยพฤติกรรมศาสตร์” มีฐานะเทียบเท่าคณะหนึ่งของมหาวิทยาลัย ซึ่งมีหน้าที่สำคัญในการวิจัยและการสอน ตลอดจนการฝึกอบรม

งานวิจัยของสถาบันฯ ในช่วงหลัง ปี พ.ศ.2517 มุ่งเน้นการวิจัยทางด้านพฤติกรรมศาสตร์ ซึ่งอาศัยแนวคิดทฤษฎีจากหลายสาขา เช่น จิตวิทยา สังคมวิทยา และการศึกษา มาช่วยทำให้เข้าใจ อธิบาย และทำนายพฤติกรรมของบุคคลได้ และขยายวงกว้างทางการศึกษาไปยังบุคคลทุกวัยเพื่อผลจากการวิจัยดังกล่าวนั้นสามารถนำไปพัฒนาบุคคลและสังคม ตลอดจนเผยแพร่ความรู้ทางวิชาการและฝึกอบรมทั้งทางเนื้อหาพฤติกรรมศาสตร์และวิธีการวิจัย

ผลงานวิจัยของสถาบันฯ แบ่งเป็นด้าน ๆ ได้ดังนี้ ผลงานวิจัยด้านครอบครัว มีผลงานวิจัยที่ศึกษาการอบรมเลี้ยงดู และความสัมพันธ์ในครอบครัวที่ส่งผลต่อพัฒนาการของเด็ก และความเข้มแข็งของครอบครัว ผลงานวิจัยด้านการทำงาน ศึกษาเกี่ยวกับแรงจูงใจภายใน ค่านิยมในการทำงาน ภาวะผู้นำ พลังจูงใจในการทำงาน ผลงานวิจัยด้านการถ่ายทอดลักษณะของพุทธศาสนา และผลต่อพฤติกรรมคนดี คนเก่งของคนไทย ผลงานวิจัยด้านการพัฒนาคุณลักษณะทางจิตใจที่สำคัญต่อการเป็นพลเมืองดี มีคุณธรรม ศึกษาถึงปัจจัยและสาเหตุของการเป็นคนดี ผลงานวิจัยด้านการเรียนรู้ของเด็กในสถานศึกษาทั้งในประเด็นที่เป็นพัฒนาการด้านการรู้คิด จิตใจและสังคม และสุดท้ายเป็น ผลงานวิจัยด้านการแก้ปัญหาและป้องกันปัญหาในสังคม เช่น ปัญหายาเสพติด ปัญหาการทำลายสิ่งแวดล้อมตามธรรมชาติ เป็นต้น

ในปี พ.ศ. 2527 สถาบันฯ เริ่มเปิดสอนหลักสูตรปริญญาโทวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาการวิจัยพฤติกรรมศาสตร์ประยุกต์ ต่อมาได้ปรับปรุงหลักสูตรนี้ให้เป็นหลักสูตรต่อเนื่องจนถึงระดับปริญญาเอกในสาขาเดียวกัน โดยได้รับอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยให้ใช้หลักสูตรได้เมื่อ วันที่ 28 ตุลาคม 2536 และเปิดรับนิสิตในหลักสูตรต่อเนื่อง ตั้งแต่ปีการศึกษา 2537 นอกจากนั้นได้เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต ภาคพิเศษ สาขาเดียวกันในปีการศึกษา 2542 ต่อมามีการพัฒนาหลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต ให้เป็นหลักสูตร แบบ 1 (เน้นวิจัย) สาขาการวิจัยพฤติกรรมศาสตร์ประยุกต์ ซึ่งได้รับอนุมัติจากสภามหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 13 มีนาคม 2545 ได้เปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2545 และในปี 2545 นั้นเอง ก็มีการดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิตและวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาการวิจัยพฤติกรรมศาสตร์ประยุกต์ โดยจัดทำเป็นหลักสูตรปรับปรุง ประจำปี 2545 เสนอให้ทบวงมหาวิทยาลัย (ในขณะนั้น) พิจารณารับรองหลักสูตรดังกล่าว ทบวงมหาวิทยาลัยได้ให้ข้อเสนอแนะในการแก้ไขปรับปรุงหลักสูตรให้ประมวลเป็นหลักสูตรเดียวกันแต่มีหลายแบบ คือ มหาบัณฑิต ภาคปกติ มหาบัณฑิต ภาคพิเศษ ดุษฎีบัณฑิต แบบ 1 และดุษฎีบัณฑิต แบบ 2 ภายหลังการปรับปรุง ได้ให้การรับรองหลักสูตรฯ เมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ 2547